Для успешного функционирования саркомера необходимо, чтобы все его структурные компоненты были представлены в правильной пропорции и имели должную стереометрическую геометрию. Любые изменения в количестве и/или пространственной организации белков саркомера могут приводить к его неправильной сборке и, соответственно, патологическому функционированию. При поиске мутаций в генах, кодирующих белки саркомера, как правило, анализируются только кодирующие участки гена (экзоны). Среди неанализируемых последовательностей можно выделить регуляторные участки гена, определяющие уровень экспрессии белков в клетке, и так называемые интроны, не кодирующие последовательности ДНК, разделяющие экзоны, в которых также могут располагаться регуляторные элементы. Мутации в регуляторных участках могут изменять скорость синтеза белков саркомера в клетке, в результате чего возможно нарушение сборки сократительного аппарата, что отразится на его функционировании. Кроме того, было показано, что синонимичные замены (кодирующие одну и ту же аминокислоту) могут приводить к неправильному «сворачиванию» (фолдингу) белков в свойственную им пространственную организацию, что также может проявляться фенотипически. Недооценка указанных механизмов может являться одной из причин отсутствия выявления мутации у больных ГКМП. Однако в настоящее время их обсуждение является спекулятивным, поскольку исследования, посвященные их вкладу в генез ГКМП, пока не проведены.